A principal contribuição para o carbono produzido na fábrica úmida é o metano e outros gases de efeito estufa liberados nas águas residuais. No Quénia, onde o processamento tradicional lavado utiliza grandes quantidades de água para fermentação, as águas residuais não tratadas foram responsáveis por 97% das emissões do processamento (JJ Maina et al., 2015). Na Costa Rica, Killian et al. (2013) descobriram que as emissões de águas residuais não tratadas contribuíram com 79% das emissões nesta fase e 32% do total de emissões da produção de café. Na América Central e na Colômbia, van Rikxoort et al. (2014) descobriu que as emissões de fermentação e as águas residuais representaram 57% da pegada de carbono total do café em pergaminho.
Reduzir as emissões de fermentação representa, portanto, outro caminho para reduzir as emissões globais da produção de café. Os produtores podem, por exemplo, utilizar fermentação técnicas que reduzem as emissões e o uso de água, ou podem capturar o metano de fermentação para usar como combustível. Os produtores também podem usar técnicas de baixo custo, como zonas húmidas construídas, para tratar águas residuais após fermentação (JJ Maina et al., 2015).
Contudo, a forma mais eficaz de reduzir as emissões nesta fase é ignorar fermentação completamente e use processamento a seco ou lavagem mecânica. “O sistema de produção mais eficiente não consegue compensar as elevadas emissões durante o processamento por via húmida”, escrevem van Rikxoort et al. 'A produção de café com baixa pegada de carbono é virtualmente impossível se forem utilizados métodos tradicionais de processamento por via úmida.'
Outros insumos provenientes do processamento e da moagem, incluindo o combustível e a eletricidade utilizados na moagem a seco e as “atividades administrativas”, como a pegada de carbono do envio de amostras antes do envio por via aérea, dão uma contribuição relativamente pequena. No estudo na Tanzânia, o moinho a seco foi responsável por apenas 0,4% da pegada de carbono total do café verde (PCF Pilotprojekt Alemanha, 2008).