O principal risco à saúde associado ao café que não foi processado adequadamente é a formação de ocratoxina A (OTA). A OTA é um metabólito secundário de dois gêneros de fungos toxigênicos, Aspergillus e Penicillium. Foi demonstrado que é altamente prejudicial ao fígado e possivelmente cancerígeno ( E. Petzinger e K. Ziegler, 2000 ). É particularmente problemático como contaminante porque as temperaturas de torra não o destroem ( Raters e Matissek, 2008 ); a União Europeia impôs limites rígidos aos níveis de OTA em grãos de café torrados, de 5 a 10 partes por bilhão, ou 10 a 20 nanogramas por grama ( P. Poltronieri e F. Rossi, 2016 ), mas não impôs tais limites em café verde. Isto significa que, na Europa, a responsabilidade de garantir que um produto seguro chega aos consumidores — bem como as responsabilidades legais associadas à venda de produtos contaminados — cabe aos torrefadores de café.
A contaminação por ocratoxina pode se desenvolver em cerejas maduras ou verdes. Também pode se desenvolver nos grãos durante e após o processamento, mas o processo de secagem apresenta o maior risco ( P. Poltronieri e F. Rossi, 2016 ). A OTA prospera em condições tropicais úmidas, e as cerejas de café maduras recém-colhidas representam condições ideais de crescimento para fungos produtores de OTA, particularmente durante os primeiros 3 a 5 dias de secagem ( Schillinger et al., 2010 ). O café processado por via úmida parece ser menos suscetível à infecção por fungos produtores de ocratoxina, provavelmente devido à remoção da polpa do fruto. Isso ocorre porque a polpa do café é um ambiente ideal para o cultivo de fungos produtores de OTA ( M. Huch e CMAP Franz, 2014 ).