Tal como acontece com grande parte da América do Sul e Central, a grande maioria do café cultivado na Guatemala é constituída por variedades “tradicionais”: Bourbon e Típica e diversas variedades derivadas deles, como Caturra, Mundo Novo, Catuaí, Pache, Villa Sarchí, Pacas, e Maragogipe.
Esta dependência de duas variedades “progenitoras” significa que a diversidade genética é muito baixa, o que coloca as culturas dos agricultores guatemaltecos em risco de pragas e doenças, especialmente a ferrugem da folha (Hemileia vastatrix). A Guatemala foi especialmente atingida pela ferrugem da folha em 2012, quando foram perdidas até 20% de produção (USDA 2019). Nas últimas décadas, variedades modernas com qualidades melhoradas, como a ferrugem resistência e rendimentos mais elevados foram testados na Guatemala com resultados promissores, e estas variedades representam agora quase 30% da produção total.
Contudo, a maioria dos agricultores tem acesso limitado ao apoio governamental e à informação sobre novas variedades, e muitos não têm condições de arcar com o investimento financeiro necessário para plantá-las. As mudas modernas tolerantes à ferrugem custam US$8.000 por hectare (US$3.237 por acre) para serem plantadas, em comparação com US$5.000 por hectare (US$2.023 por acre) para variedades tradicionais. As novas árvores só começam a produzir frutos pelo menos 2 anos após o plantio. Além disso, geralmente acredita-se que os híbridos resistentes produzem xícaras de qualidade inferior, e alguns que foram plantados em altitudes mais baixas na Guatemala não apresentam a doença esperada. resistência (USDA 2019).
Os custos e riscos envolvidos significam que muitos agricultores continuam a depender de árvores mais antigas e menos produtivas, em vez de plantar novas variedades. Um projeto na Guatemala descobriu que fazendas em áreas com uma longa história de produção de café tinham cafeeiros com 40 a 60 anos de idade (Technoserve 2017), embora os cafeeiros sejam geralmente mais produtivos quando têm menos de 20 anos (Associação Nacional do Café 2020).
Variedades de café cultivadas na Guatemala em 2018,