Quando si firmano contratti per la vendita di un determinato lotto di caffè in preparazione per la spedizione, si avvia la fase finale della lavorazione. La pergamena verrà prelevata da un deposito temporaneo come una bodega e trasferita al mulino a secco. Il processo di macinazione è la parte più facilmente automatizzata della lavorazione del caffè, e anche i mulini di base avranno spesso coclee e nastri trasportatori per spostare la pergamena e i chicchi di caffè attraverso le varie fasi. Prima che le ciliegie siano pronte a lasciare il frantoio, verranno eseguite cinque operazioni:
- denocciolare
- scagliare
- ripassando
- Classificazione delle taglie
- Separazione di densità
I migliori sistemi di mondatura per le specialità di caffè sono conosciuti come 'crudatrici incrociate'. A differenza di molti modelli precedenti che creavano molto attrito tra i chicchi, i mondatori a frusta incrociata non generano calore eccessivo durante il processo. Inoltre non lucidano i fagioli. La lucidatura si riferisce alla rimozione della pelle d'argento dalla superficie dei fagiolini. Questo può essere desiderabile per la tostatura di prodotti su larga scala, dove la freschezza non è una preoccupazione primaria, ma per i caffè speciali la pelle d'argento viene trattenuta sui chicchi per aggiungere protezione prima del processo di tostatura. Con i lotti non lucidati, la pelle d'argento alla fine si libererà dai chicchi durante la tostatura e verrà aspirata dal tamburo di torrefazione e catturata nel ciclone di una macchina per la torrefazione.