Il principale rischio per la salute associato al caffè che non è stato lavorato correttamente è la formazione di ocratossina A (OTA). L'OTA è un metabolita secondario di due generi di muffe tossigene, Aspergillus e Penicillium. È stato dimostrato che è altamente dannoso per il fegato e possibilmente cancerogeno ( E. Petzinger e K. Ziegler, 2000 ). È particolarmente fastidioso come contaminante perché le temperature di tostatura non lo distruggono ( Raters e Matissek, 2008 ); l'Unione Europea ha imposto limiti rigorosi ai livelli di OTA nei chicchi di caffè tostato, a 5-10 parti per miliardo, o 10-20 nanogrammi per grammo ( P. Poltronieri e F. Rossi, 2016 ), ma non hanno imposto tali limiti caffè verde. Ciò significa che in Europa la responsabilità di garantire che un prodotto sicuro raggiunga i consumatori, così come le responsabilità legali associate alla vendita di prodotti contaminati, spetta ai torrefattori.
La contaminazione da ocratossina può svilupparsi su ciliegie mature o acerbe. Può svilupparsi anche sui chicchi durante e dopo la lavorazione, ma il processo di essiccazione presenta il rischio più elevato ( P. Poltronieri e F. Rossi, 2016 ). L'OTA prospera in condizioni tropicali umide e le ciliegie di caffè mature appena raccolte rappresentano le condizioni di crescita ideali per i funghi che producono OTA, in particolare durante i primi 3-5 giorni di essiccazione ( Schillinger et al., 2010 ). Il caffè lavorato a umido sembra essere meno suscettibile all'infezione da muffe produttrici di ocratossina, probabilmente a causa della rimozione della polpa del frutto. Questo perché la polpa di caffè costituisce un ambiente di crescita ideale per i funghi che producono OTA ( M. Huch e CMAP Franz, 2014 ).