Come con la maggior parte dei frutti, le ciliegie di caffè diventano più morbide man mano che maturano a causa della rottura dei polisaccaridi strutturali, tra cui protopectina e cellulosa. L'ammorbidimento dei tessuti è attribuito alla degradazione enzimatica e alla solubilizzazione della protopectina ( Prasanna, V. et al, 2007 ). Man mano che la maturazione delle ciliegie continua, la protopectina negli strati interno ed esterno del mesocarpo viene scomposta in pectina. La pectina (discussa di seguito) viene, a sua volta, convertita in acido pectico quando i frutti diventano troppo maturi e/o fermentano. Chi ha fatto la marmellata sa che solo i frutti maturi producono una marmellata che gelifica correttamente. Questo perché la protopectina (nella frutta acerba) e l'acido pectico (nella frutta troppo matura) sono insolubili in acqua; solo la pectina pura che si trova nella frutta matura è abbastanza solubile da produrre l'effetto gelificante desiderato per la marmellata. Il processo di fermentazione utilizzato nella lavorazione a umido (vedi Capitolo 2) aiuta a controllare attentamente la scomposizione della pectina, con l'aiuto di enzimi (pectinasi e pectasi) presenti naturalmente nelle ciliegie di caffè.
Se stringi una ciliegia di caffè matura tra le dita, l' esocarpo (pelle) e lo strato esterno del mesocarpo scivolano via abbastanza facilmente dallo strato interno. Lo strato interno, comunemente chiamato mucillagine, rimane saldamente attaccato all'interno della ciliegia. Contiene oltre 30% contenuto di pectina grezza ( S. Avallone et al, 2000) . La mucillagine rimane sui chicchi dopo che la pelle è stata rimossa durante lo spolpamento. (Vedi Lezione 2.03.) La mucillagine è composta da tessuti traslucidi ricchi di zuccheri e pectine ma, curiosamente, è priva di caffeina e tannini (Wintgens, 2004). Lo strato esterno del mesocarpo , solitamente chiamato polpa, rimane attaccato all'esocarpo (pelle) e di solito viene compostato o, occasionalmente, trasformato in cascara. Può anche portare reddito agli agricoltori come ingrediente nell'insilato , utilizzato per nutrire il bestiame.
La polpa e la mucillagine del caffè rappresentano una fonte di pectina relativamente non sfruttata che ha un valore commerciale come agente gelificante. La parola “pectina” deriva dal greco pectos, che significa "gelificato". Gli acidi uronici vengono estratti dai limoni per produrre pectine commerciali.