Tipica, Borbone, e le varietà tradizionali da esse derivate sono molto suscettibili al fungo della ruggine delle foglie di caffè, Hemileia vastatrix. Consapevoli del potenziale devastante di questa malattia, i ricercatori di Cenicafé hanno iniziato a studiare le varietà resistenti alla ruggine nel 1960, un intero decennio prima che i coltivatori di caffè individuassero per la prima volta il fungo nelle Americhe (Cortina et al 2013).
La ruggine delle foglie di caffè può infettare varietà resistenti, ma provoca malattie meno gravi.
Una volta che la ruggine delle foglie è arrivata in Brasile nel 1970, il programma di allevamento di Cenicafé è iniziato sul serio, correndo per produrre un ibrido resistente alla ruggine prima che la malattia raggiungesse la Colombia. Il risultato, creato nel 1980 e distribuito negli anni successivi, fu il Colombia varietà, un incrocio tra Caturra e il Ibrido di Timor.
La ruggine è stata rilevata per la prima volta in Colombia pochi anni dopo, nel 1983. Nel 1989, la malattia ha colpito più di 700.000 ettari nel paese (Gordillo 2005) — oltre 70% della superficie coltivata all'epoca (FAOSTATO 2022).
A meno che i coltivatori non applichino fungicidi alle varietà sensibili, la ruggine delle foglie può ridurre la loro produzione di caffè fino a 23%. I fungicidi possono ridurre l'impatto della malattia, ma aumentano significativamente il costo di produzione. Inoltre, le forti precipitazioni in Colombia riducono la loro efficacia e l'applicazione di fungicidi alle piante su terreni in forte pendenza può essere difficile (Cortina et al 2013). La FNC ha adottato una politica di promozione di ibridi resistenti alla ruggine come Colombia e Castillo, e queste varietà costituiscono ora la grande maggioranza del caffè piantato in Colombia.
Quando si sviluppa il Colombia varietà, Cenicafé ha scelto di perseguire una strategia multilinea resistenza. Ciò significa che Colombia non è un'unica varietà stabile, ma una raccolta di linee correlate provenienti dallo stesso programma di allevamento. La diversità genetica di una varietà a più linee rende più durevole resistenza, ma significa anche che alberi della stessa varietà avranno caratteristiche leggermente variabili (Florez Ramos et al 2017).