Le caféier pousse naturellement sous les arbres forestiers et est bien adapté à la culture à l’ombre. L'« agroforesterie » fait référence à un système de culture dans lequel le café est cultivé au milieu des arbres forestiers. Il peut s'agir d'arbres forestiers indigènes ou bien ils peuvent être délibérément plantés, que ce soit pour l'ombre et le bois de chauffage, pour fixer l'azote dans le sol ou pour produire d'autres cultures telles que des fruits et des noix.
De tels systèmes ont une empreinte carbone moyenne inférieure à celle des monocultures et des stocks de carbone beaucoup plus élevés dans la végétation (H van Rikxoort et al. 2014). Dans certains systèmes d’ombrage, les arbres peuvent séquestrer suffisamment de carbone pour rendre l’ensemble du système de production neutre en carbone tout au long de sa durée de vie (B Killian et coll. 2013).
Cependant, pour augmenter les rendements, de plus en plus de café est cultivé en plein soleil. Sur les 2,8 millions d'hectares consacrés à la culture du café au Mexique, en Amérique centrale, en Colombie et dans les Caraïbes, 1,1 million d'hectares avaient été convertis des agroforêts en café légèrement ombragés ou en plein soleil au milieu des années 1990 (H van Rikxoort et al. 2014). Plus récemment, l'intérêt accru pour la durabilité signifie qu'au moins 20% d'exploitations agricoles ont obtenu une sorte de certification de durabilité (P Baker, 2014). "Il n'y a cependant aucune preuve que la tendance mondiale actuelle vers un café durable réduit le taux de déforestation pour les nouvelles plantations de café", écrit Baker. Une partie du problème réside peut-être dans le fait que les critères de certification écologique sont très variables, ce qui rend difficile pour les consommateurs de prendre une décision éclairée. Les critères de certification sont également susceptibles de changer, peut-être en raison des pressions exercées par les grandes sociétés de café pour assouplir les exigences (J Craves, 2017).
Un sac de café certifié Rainforest Alliance. Le 40% du café mondial porte une sorte de certification de durabilité, mais le degré de protection de l'environnement offert par les différentes certifications est très variable.
Par exemple, lors de sa création en 2005, Rainforest Alliance, l'une des plus grandes certifications écologiques du marché, a établi des exigences spécifiques concernant le nombre et les types d'arbres par hectare et le pourcentage de couvert forestier. Des recherches montrent que la certification Rainforest Alliance a été efficace pour réduire la déforestation en Éthiopie (R Takahashi et Y Todo 2013). Cependant, depuis lors, les critères relatifs aux arbres d'ombrage ont été progressivement « érodés », selon Julie Craves, écologiste à l'Université du Michigan (2018), au point que la certification Rainforest Alliance est devenue « inutile pour évaluer les conditions de culture à l'ombre ».
La conversion de la production de café vers des systèmes agroforestiers présente un immense potentiel pour réduire les émissions de carbone liées à la culture du café et même pour séquestrer le carbone, en le stockant dans la biomasse des arbres et en augmentant la quantité de carbone stockée dans le sol. Une plantation de café cultivée à l'ombre et dotée de grands arbres forestiers peut séquestrer jusqu'à 70 à 80 tonnes de carbone par hectare au total, soit presque autant que le carbone stocké dans une superficie égale de forêt (NPA Kumar et coll. 2019). Une étude réalisée au Costa Rica a montré que les arbres d'ombrage peuvent séquestrer 1 tonne par hectare et par an, tandis que les arbres à bois peuvent séquestrer plus de 3 tonnes par hectare par an, selon la manière dont le bois est finalement utilisé (JM Harmand et al. 2007).
Des systèmes agroforestiers utilisant d’autres cultures arboricoles commerciales peuvent également être mis en place. Une étude réalisée dans le sud du Brésil a montré que l'alternance de caféiers et d'hévéas dans les exploitations agricoles peut augmenter la séquestration du carbone sans réduire de manière significative le rendement du café par hectare, par rapport au café de plein soleil (GCZaro et al. 2019). Le caoutchouc produit dans ces exploitations constitue également une source de revenus supplémentaire.
En plus de réduire l'empreinte carbone d'une plantation de café, planter des arbres dans des zones précédemment déboisées peut également aider les agriculteurs à s'adapter au changement climatique (E. Rahn et coll. 2013). Dans les cas où des arbres d’ombrage existent déjà, la plantation de haies ou d’arbres aux limites des champs et des exploitations agricoles offre un moyen d’augmenter la séquestration du carbone sans compromettre la productivité.
Erythrina poeppigiana, un arbre fixateur d'azote couramment utilisé comme arbre d'ombrage dans les plantations de café.
Certaines espèces d'arbres d'ombrage sont des « fixateurs d'azote », ce qui signifie qu'elles sont capables de convertir l'azote de l'air en nutriments utilisables, au lieu de l'extraire du sol. Pour que les caféiers puissent profiter de l'azote fixé par ces arbres, il faut les tailler ou les tailler (coupés jusqu'à la souche) et laisser les boutures se décomposer (KH Van Den Meersche et al. 2019). De tels arbres peuvent réduire le besoin d'engrais à la ferme, mais ils ajoutent de l'oxyde nitreux (N2O) leurs propres émissions lors de leur décomposition (H van Rikxoort et al. 2014). Si l’utilisation d’arbres d’ombrage fixateurs d’azote ne s’accompagne pas d’une réduction de l’utilisation d’autres engrais, cette pratique peut alors entraîner une augmentation globale des émissions (K Hergoualc'h et al, 2008).