Selon la religion du peuple Oromo d'Éthiopie, lorsque le premier homme mourut, Waqa a mouillé sa tombe avec ses larmes, et les premiers plants de café ont poussé là où tombaient ses larmes (Yedes et al. 2004). Cette histoire ancienne souligne les origines de l'arabica en tant que plante sauvage, que les Oromo ont trouvée disséminée dans les forêts de leur pays d'origine, dans l'Éthiopie d'aujourd'hui.

La vallée de l'Omo en Éthiopie, qui abrite des « forêts de nuages » où l'on trouve des plantes sauvages d'arabica

L’Éthiopie est généralement considérée comme le berceau du café Arabica sauvage., mais on trouve également des plantes sauvages ou semi-sauvages dans les pays voisins. Il n’est pas toujours clair si le café est arrivé dans ces régions spontanément ou à la suite de milliers d’années d’intervention humaine. Nouvelle recherche publiée cette semaine par Krishnan et al fournit la première preuve génétique que les caféiers poussant au Soudan du Sud sont véritablement sauvages et n'ont pas été introduits là-bas par l'intervention humaine, et représentent donc une autre origine possible du café arabica.

Une seule origine

La plupart des espèces végétales se développent grâce à l’évolution d’une population entière de plantes, ce qui rend impossible de déterminer le moment exact où une espèce s’est distinguée d’une autre. Dans le cas du café Arabica, cependant, il semble probable que l'espèce entière puisse être attribuée à une seule plante (Scalabrin et al. 2020). Les deux espèces parentales de l'Arabica, Café canéphora et Coffea eugenioides, ne peuvent normalement pas se croiser. Pour que le croisement réussisse, l’arabica a dû prélever deux jeux de chromosomes de chaque parent au lieu d’un – un événement rare appelé polyploïdisation.

Même à l’état sauvage, l’arabica présente une très faible diversité génétique, ce qui suggère que cet événement de polyploïdisation ne s’est produit qu’une seule fois. Selon Scalabrin et al., cet événement a probablement eu lieu il y a entre 10 000 et 665 000 ans, ce qui est extrêmement récent en termes d'évolution. Cette seule plante a donné naissance à l’espèce Arabica entière, qui s’est répandue dans les hautes terres forestières humides d’Éthiopie et du Soudan du Sud.

Lorsque la culture du café a commencé, la diversité génétique de l’arabica s’est encore réduite. Le café a été cultivé pour la première fois au Yémen à partir de plantes importées d'Éthiopie, créant ainsi un pool génétique limité pour la culture. Une poignée de plantes ont ensuite été sorties clandestinement du Yémen, créant ainsi les deux variétés. Typique et Bourbon (Anthony et coll. 2002). La grande majorité de l'arabica cultivé aujourd'hui descend de ces deux variétés - un pool génétique très limité qui expose les producteurs de café à des risques de maladies telles que rouille des feuilles.

Des plants de café ont également été trouvés poussant dans d'autres pays africains tels que le Kenya, mais les similitudes avec les plantes cultivées localement suggèrent que ces arbres sont « naturalisés », introduits dans la région à la suite de la culture, plutôt que véritablement sauvages (Charrier et Berthaud 1985).

Le plateau de Boma

La plus grande concentration d’arabica sauvage se trouve dans les forêts nuageuses de Kaffa, dans les hautes terres du sud-ouest de l’Éthiopie. Des plants de café sauvages se trouvent également de l’autre côté de la frontière, au Soudan du Sud, dans une région appelée le plateau de Boma. Les conditions ici sont très similaires à celles du sud-ouest de l’Éthiopie, mais la question de savoir si l’arabica y poussait spontanément était un sujet de débat. Le plateau de Boma est séparé des forêts nuageuses éthiopiennes par une bande de terres basses où l'arabica ne pousse pas. On a donc pensé qu'il était possible que la population d'arabica du Soudan du Sud ait été introduite par des humains venant d'Éthiopie dans la région. plutôt que d'être vraiment sauvage.

Parc national de Boma, Soudan du Sud. Photo : Ruby Vance

On sait peu de choses sur l’arabica poussant sur le plateau de Boma. Avant cette étude, aucune variété n'avait été collectée au Soudan du Sud depuis 1941. Trois variétés de cette expédition survivent aujourd'hui dans la banque de gènes vivante à CATIE: deux types de Rume Soudan et un de Barbuk Soudan. Une petite quantité de café est produite au Soudan du Sud, principalement pour la consommation locale, mais ces dernières années, une petite quantité a été exportée grâce à un projet TechnoServe dans le pays (Forgeron 2015).

Les origines génétiques des variétés soudanaises

Pour déterminer si les plantes poussant sur le plateau de Boma sont véritablement des variétés sauvages, Krishnan et al (2021) a utilisé une forme d'empreinte ADN pour les comparer aux variétés sauvages trouvées en Éthiopie, ainsi qu'aux variétés cultivées du monde entier. Ils ont trouvé un marqueur génétique unique aux plantes sauvages soudanaises, indiquant que ces variétés sont génétiquement distinctes de l’arabica éthiopien et représentent donc une population véritablement sauvage. Il est donc possible que le Soudan du Sud, plutôt que l'Éthiopie, soit le lieu où est apparu l'arbre unique qui donnerait naissance à l'ensemble de Café arabica.

Cependant, il est pratiquement impossible de déterminer où aurait poussé exactement le premier arabica, explique le Dr Aaron Davis de Kew Gardens, expert mondial en botanique du café et l'un des auteurs de la recherche publiée cette semaine. Il y a eu de nombreux changements climatiques dans la région depuis l’émergence de l’arabica, et les forêts où pousse l’arabica sauvage couvraient peut-être autrefois une superficie beaucoup plus vaste, dit-il. "L'origine précise de l'arabica pourrait être le sud-ouest de l'Éthiopie ou le Soudan du Sud", dit-il, "mais cela pourrait aussi être plus au sud". Les graines de café peuvent être propagées sur de longues distances par les oiseaux et les petits mammifères, explique-t-il. "En Éthiopie, on voit souvent des excréments de mammifères et d'oiseaux remplis de graines de café, parfois même germer dans les excréments."

Un deuxième marqueur génétique a été découvert et n'existait que dans les plantes sauvages soudanaises et dans trois autres variétés : une des variétés Rume Soudan hébergées au CATIE et deux variétés des laboratoires agricoles Scott : SL-17 et SL-14. Les deux autres variétés « soudanaises » du CATIE ne portaient pas ce marqueur.

Les trois variétés « soudanaises » ont été utilisées dans des programmes de sélection végétale au Kenya avant d'être introduites au CATIE. Les chercheurs suggèrent que la variété Rume Soudan contenant le marqueur génétique soudanais a été à un moment donné pollinisée par inadvertance avec d'autres variétés, expliquant pourquoi elle ne partageait pas ce marqueur unique avec les variétés sauvages soudanaises modernes. Les deux autres variétés du CATIE (l'une étiquetée Rume Soudan et l'autre Barbuk Soudan) pourraient avoir été encore plus diluées par pollinisation croisée, disent les auteurs – ou elles pourraient même avoir été mal étiquetées et ne pas donc être du tout des variétés soudanaises.

Variétés menacées

Le fait que les variétés soudanaises du CATIE aient pu être contaminées ou mal étiquetées est d'autant plus alarmant que le café sauvage du Soudan du Sud risque de disparaître complètement. Compte tenu des risques liés au changement climatique, l'arabica sauvage du Soudan du Sud serait considéré comme « en danger critique » selon les critères de la Liste rouge de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN). Les auteurs estiment que plus de 80% de la forêt qui pourrait abriter l'arabica sauvage dans cette zone ont été perdus.

Par rapport à il y a 70 ans, la dernière fois que des variétés sauvages ont été récoltées au Soudan du Sud, la population de café sauvage du plateau de Boma est en mauvaise santé. Dans la forêt restante dans la zone autour de Barbuk, les auteurs ont trouvé peu d’arbres matures et très peu de nouveaux semis. Entre-temps, à Rume, la forêt a complètement disparu. « Si toutes les accessions cultivées de C. arabica « Rume » sont compromis… la diversité génétique de Rume pourrait ne plus exister sous sa forme originale, voire pas du tout », déclarent les auteurs.

Perdre la diversité génétique qui existe encore dans les populations de café sauvage soudanais serait une tragédie. La diversité génétique de l'arabica est parmi les plus faibles de toutes les cultures cultivées, de sorte que les plantes sauvages sont extrêmement importantes pour que les sélectionneurs puissent apporter de nouveaux caractères afin d'atténuer les menaces telles que les maladies et le changement climatique. La protection de ces plantes sauvages, qui pourraient être à l’origine de l’espèce arabica, contribuera à garantir que nous pourrons continuer à en profiter à l’avenir.