La mayor contribución al carbono producido en el molino húmedo es el metano y otros gases de efecto invernadero liberados en las aguas residuales. En Kenia, donde el procesamiento tradicional de lavado utiliza grandes cantidades de agua para fermentación, las aguas residuales sin tratar representaron el 97% de las emisiones del procesamiento (JJ Maina y otros, 2015). En Costa Rica, Killian et al. (2013) encontró que las emisiones de aguas residuales no tratadas contribuyeron con 79% de las emisiones en esta etapa y 32% de las emisiones totales de la producción de café. En Centroamérica y Colombia, van Rikxoort et al. (2014) encontró que las emisiones de fermentación y las aguas residuales constituyeron 57% de la huella de carbono total del café pergamino.
Reducir las emisiones de fermentación por lo tanto, representa otra vía para reducir las emisiones totales de la producción de café. Los productores pueden, por ejemplo, utilizar fermentación técnicas que reducen las emisiones y el uso del agua, o pueden capturar el metano de fermentación para usar como combustible. Los productores también pueden utilizar técnicas de bajo costo como los humedales artificiales para tratar las aguas residuales después fermentación (JJ Maina y col., 2015).
Sin embargo, la forma más eficaz de reducir las emisiones en esta etapa es omitir fermentación en conjunto y utilice procesamiento en seco o lavado mecánico en su lugar. "El sistema de producción más eficiente no puede compensar las altas emisiones durante el procesamiento húmedo", escriben van Rikxoort et al. "La producción de café con una huella de carbono baja es prácticamente imposible si se utilizan los métodos tradicionales de procesamiento húmedo".
Otros insumos del procesamiento y la molienda, incluido el combustible y la electricidad utilizados en el molino seco y las 'actividades administrativas', como la huella de carbono de enviar muestras previas al envío por aire, hacen una contribución relativamente pequeña. En el estudio de Tanzania, el beneficio seco representó solo 0.4% de la huella de carbono total del café verde (PCF Pilotprojekt Deutschland, 2008).