عندما تُوقّع عقود بيع كميات معينة من القهوة، يجري تحضيرها للشحن، فتبدأ بذلك المرحلة النهائية من مراحل المعالجة. سيتم نقل القهوة غير المقشورة من مرافق التخزين المؤقتة، مثل مقصورات الخزن، إلى المطاحن الجافة. وعملية الطحن هي أيسر أجزاء عملية معالجة القهوة من حيث تطبيق الأتمتة، وحتى المطاحن البسيطة غالبًا ما تكون مزودة بمثاقب وأحزمة ناقلة لنقل القهوة غير المقشورة وحبوب القهوة خلال مختلف المراحل. قبل أن يصبح الكرز جاهزًا لمغادرة المطحنة، يخضع لخمس عمليات:
- إزالة النوى
- التقشير
- إعادة المرور
- التصنيف حسب الحجم
- الفصل حسب الكثافة
وتُعرف أفضل أنظمة تقشير القهوة المتخصصة باسم "آلات التقشير بالخفق المتقاطع". وبخلاف آلات التقشير القديمة التي كانت تسبب احتكاكًا كبيرًا بين الحبوب، فإن آلات التقشير بالخفق المتقاطع، التي لا تسبب مثل هذا الاحتكاك، لا تولّد حرارة مفرطة خلال عملية التقشير. كما أنها لا تقوم بتلميع حبوب القهوة. والتلميع هو إزالة القشرة الفضية من سطح الحبوب الخضراء. وقد يكون هذا مستحسنًا عند تحميص المواد بكميات ضخمة، حيث لا تكون النضارة موضع اهتمام، ولكن، بالنسبة للقهوة المتخصصة، تُعتبر القشرة الفضيةبمثابة الطبقة الواقية التي تحمي الحبوب خلال عملية التحميص. أما بالنسبة للقهوة غير الملمعة، فستنفصل القشرة الفضية في النهاية عن الحبوب أثناء التحميص، وسيتم سحبها من أسطوانة التحميص لتدخل في دوامة آلة التحميص.